Oprogramowanie służące do prowadzenia symulacji dynamiki molekularnej (Molecular Dynamics, MD).
Desmond jest wysokowydajnym silnikiem obliczeniowym, rozwijanym przez D. E. Shaw Research i udostępnianym w ramach pakietu Schrödinger. Program jest przeznaczony do symulacji układów biologicznych i chemicznych, takich jak białka, kompleksy białko-ligand, kwasy nukleinowe, układy błonowe, małe cząsteczki, rozpuszczalniki mieszane, ciała stałe organiczne oraz makrocząsteczki syntetyczne. Desmond umożliwia wykonywanie klasycznych symulacji MD z jawnym rozpuszczalnikiem i periodycznymi warunkami brzegowymi, z uwzględnieniem oddziaływań dalekiego zasięgu oraz analizą trajektorii. Oprogramowanie jest zoptymalizowane pod kątem obliczeń na klastrach Linuksowych i może korzystać z akceleracji GPU.
Desmond w CI TASK
- Najnowsza zainstalowana wersja: 2022.4
- Miejsce instalacji: Tryton Plus
- Dokumentacja: schrodinger.com/platform/products/desmond/
- Status licencji: oprogramowanie własnościowe; dostęp zgodnie z warunkami licencji Schrödinger/Desmond obowiązującymi w CI TASK
- Strona producenta: schrodinger.com/
- Strona projektu D. E. Shaw Research: deshawresearch.com/resources.html
Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu: