Obliczenia oraz symulacje (zadania obliczeniowe) wykonywane na superkomputerze działają pod kontrolą systemu kolejkowego SLURM. Oznacza to, że użytkownik nie powinien uruchamiać programów obliczeniowych bez użycia systemu kolejkowego. Zadania takie będą zatrzymywane.
Schemat pracy z superkomputerem na przykładzie aplikacji Abaqus
1. Skopiować dane wejściowe (do aplikacji Abaqus) ze swojej stacji roboczej (komputer stacjonarny, laptop) na system dyskowy superkomputera poprzez serwer trytonp-dmv.task.gda.pl, np. za pomocą WinSCP (Windows) lub scp (Linux). Skopiowane dane najlepiej od razu umieścić w swoim katalogu roboczym: /users/project1/, a nie w katalogu domowym: /users/kdm.
Więcej informacji w Poradniku użytkownika: Kopiowanie plików
2. Zalogować się na serwer kdm.task.gda.pl (serwer dostępowy do superkomputera) za pomocą klienta SSH:
ssh kdm.task.gda.pl -l <nazwa_użytkownika>
Następnie stamtąd zalogować się na superkomputer:
ssh trytonp
Więcej informacji w Poradniku użytkownika: Łączenie z serwerem dostępowym
3. Przejść z katalogu domowego do katalogu roboczego, gdzie skopiowano dane wejściowe, np.
cd /users/project1/<nazwa_użytkownika>/<nazwa_katalogu_z_symulacją>
4. Przygotować skrypt potrzebny do uruchomienia Abaqusa poprzez system kolejkowy SLURM. W tym celu można skorzystać z przykładowego skryptu abaqus_sbatch_example znajdującego się w katalogu: /apl/trytonp/example/abaqus/ na Trytonie Plus, skopiować go do swojego katalogu roboczego, nadając mu dowolną nazwę:
cp /apl/trytonp/example/abaqus/abaqus_sbatch_example
a następnie zmodyfikować skopiowany skrytp, wpisując odpowiednie nazwy swoich plików wejściowych, nazwy i opcje aplikacji przy końcu skryptu oraz parametry systemu kolejkowego w liniach #SBATCH.
Więcej informacji w Poradniku użytkownika: Systemy kolejkowe, Jak przetrwać w systemie Unix (opis podstawowych komend, edytorów tekstu, itp.), Uruchamianie aplikacji (moduły)
5. Wstawić zlecenie obliczeń od systemu kolejkowego SLURM poleceniem:
sbatch abaqus_sbatch
6. Zweryfikować stan swoich zadań:
squeue -u ${USER}
7. Po zakończeniu obliczeń system kolejkowy przyśle maila z informacją. Można przejrzeć pliki wynikowe, skopiować je na swoją stację roboczą przez serwer trytonp-dmv.task.gda.pl lub spakowane przenieść do archiwum na /users/magazyn (dostępnym na serwerze dmvAktualnie niedostępny).
Więcej informacji o pracy z superkomputerem, dostępnych aplikacjach, grantach obliczeniowych, uzyskiwaniu pomocy, itp. znajduje się w Poradniku użytkownika.