Environment Modules (moduły)

Aplikacje dostępne na superkomputerze wymagają specyficznych ustawień powłoki oraz zmiany standardowych zmiennych środowiskowych, jak np. PATH.

Pakiet Environment Modules daje możliwość modyfikacji  środowiska użytkownika i przystosowania go do wymagań aplikacji, która ma być użyta. Użytkownik sam dodaje i usuwa moduły, może również tworzyć własną kolekcję modułów, w zależności od potrzeb.

Na superkomputerze Tryton Plus moduły aplikacji umieszczone są w katalogach:

 trytonp/ np.:

  • trytonp/amber/22  - moduł dla aplikacji Amber w wersji 22.

Najczęściej używane polecenia i przykłady zastosowań

Zmian środowiska dokonuje się wywołując komendę module z odpowiednimi parametrami.

  • module avail - wyświetla listę dostępnych modułów, czyli listę aplikacji wraz z numerami zainstalowanych wersji.
$ module avail
--------------------- /apl/trytonp/modules/centos8/modulefiles ----------------------

trytonp/ansys/23.2               trytonp/mpi/intel/2024.0.0           
trytonp/blender/3.6.5            trytonp/mpi/mpich/4.1.2-intel23      
trytonp/cmake/3.27.8             trytonp/mpi/openmpi3/3.1.4-intel23   
trytonp/compiler/gcc/13.2.0      trytonp/mpi/openmpi5/5.0.0-intel23   
trytonp/compiler/intel/2023.2.0  trytonp/msc/adams/23.2               
trytonp/compiler/intel/2024.0.0  trytonp/msc/marc/2023.3              
trytonp/conda/23.10.0            trytonp/msc/mentat/2023.3            
trytonp/gamess/20230930R2        trytonp/msc/nastran/2023.3           
trytonp/gaussian/g16.c02         trytonp/nbo/7.0                      
trytonp/go/1.21.4                trytonp/netcdf/4.7.4-intel23-mpi     
trytonp/gromacs/2020.4           trytonp/netcdf/4.9.2-intel24-mpi

  • module avail - wyświetla moduły dla różnych wersji aplikacji, np.: 
$ module avail trytonp/gromacs
--------------------- /apl/tryton/modules/centos8/modulefiles ---------------------- 
trytonp/gromacs/2020.4  trytonp/gromacs/2023.2
  • module add lub module load - ładuje moduł danej aplikacji oraz aplikacji zależnych, np.:
$ module load trytonp/mkl 
trytonp/mkl/2024.0.0 load complete. 

Loading trytonp/mkl/2024.0.0 
 Loading requirement: tbb/latest compiler-rt/latest mkl/latest

lub ładuje moduł konkretnej wersji aplikacji:

$ module load trytonp/compiler/gcc/13.2.0 
trytonp/compiler/gcc/13.2.0 load complete.
  • module rm lub module unload - usuwa moduł danej aplikacji, np.:
$ module unload trytonp/compiler/gcc/13.2.0 
trytonp/compiler/gcc/13.2.0 unload complete.
  • module list - wyświetla listę aktualnie załadowanych modułów, np:
$ module list
No Modulefiles Currently Loaded.
  •  module show <nazwa_modułu> - wyświetla informację o danym module, np.:
$ module show trytonp/conda/23.10.0 
------------------------------------------------------------------- 
/apl/tryton/modules/centos8/modulefiles/trytonp/conda/23.10.0:


module-whatis   {Miniconda3 23.10.0, package manager and environment management system} 
prepend-path    PATH /apl/trytonp/miniconda3/latest/bin

conflict        conda 
module          add trytonp/python3/3.12.0 
-------------------------------------------------------------------
  • module purge - usuwa z powłoki wszystkie aktualnie załadowane moduły.

Więcej informacji: