NAMD – Scalable Molecular Dynamics – pakiet służący do symulacji metodą dynamiki molekularnej, z wykorzystaniem pola siłowego Charm++ . Pozwala na analizę dużych i bardzo dużych układów biologicznych (białka, kwasy nukleinowe).
NAMD w CI TASK
- Najnowsza zainstalowana wersja: 3.0.1, 3.0b6
- Miejsce instalacji: Trytonp
- Dokumentacja: NAMD User's Guide (strona producenta)
- Status licencji: akademicka, darmowa (wymagana jest rejestracja)
- Strona producenta: Theoretical and Computational Biophysics Group
Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu:
- Obliczenia na pojedynczym nodzie:
module load trytonp/namd/3.0.1
- Obliczenia GPU na pojedynczym nodzie:
module load trytonp/namd/3.0.1_cuda
- Obliczenia wielonodowe:
module load trytonp/namd/3.0.1_ibverbs_smp
- Obliczenia wielonodowe GPU:
module load trytonp/namd/3.0.1_ibverbs_smp_cuda
- patrz: system kolejkowania zadań obliczeniowych
- patrz: moduły