NAMD – Scalable Molecular Dynamics – pakiet służący do symulacji metodą dynamiki molekularnej, z wykorzystaniem pola siłowego Charm++ . Pozwala na analizę dużych i bardzo dużych układów biologicznych (białka, kwasy nukleinowe).
NAMD w CI TASK
- Najnowsza zainstalowana wersja: 3.0.1, 3.0b6
- Miejsce instalacji: Trytonp
- Dokumentacja: NAMD User's Guide (strona producenta)
- Status licencji: akademicka, darmowa (wymagana jest rejestracja)
- Strona producenta: Theoretical and Computational Biophysics Group
Aby uzyskać dostęp do programu NAMD zainstalowanego na superkomputerch KDM, prosimy o:
- zarejestrowanie się pod poniższym adresem: www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=2
- przeczytanie warunków licencji: www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html
- przesłanie nam oświadczenia o nastepującej treści:
Oświadczam, że zapoznałem/am się z warunkami licencji programu NAMD, na stronie http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html, akceptuję je i zarejestrowałem/am się w University of Illinois. Podpis_użytkownika
Oświadczenie może być przesłane mailem na adres: kdm@task.gda.pl.
Jako temat maila proszę wpisać: "Akceptacja warunków licencji NAMD".
Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu:
- Obliczenia na pojedynczym nodzie:
module load trytonp/namd/3.0.1
- Obliczenia GPU na pojedynczym nodzie:
module load trytonp/namd/3.0.1_cuda
- Obliczenia wielonodowe:
module load trytonp/namd/3.0.1_ibverbs_smp
- Obliczenia wielonodowe GPU:
module load trytonp/namd/3.0.1_ibverbs_smp_cuda
- patrz: system kolejkowania zadań obliczeniowych
- patrz: moduły