Amber


Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) jest programem chemicznym, zapewniającym wykonywanie obliczeń z dziedziny dynamiki molekularnej. Może być wykorzystywany do modelowania cząsteczek i makrocząsteczek w próżni oraz w roztworach (np. w wodzie). Aplikacja posiada gotową bazę danych z definicjami 20 standardowych aminokwasów, kwasów nukleinowych, w której znajdują się parametry oddziaływania typu atom-atom, ładunki atomowe oraz informacje topologiczne dla podstawowych fragmentów białek i kwasów nukleinowych DNA i RNA.

Amber w CI TASK

  • Aktualnie zainstalowana wersja: Amber 16 (w toku procedura zakupu wersji 20)
  • Miejsce instalacji: Tryton
  • Dokumentacja: znajduje się w katalogu instalacji oraz na stronach producenta (Amber Reference Manuals)
  • Status licencji: zakupiona przez CI TASK; ważna
  • Konsultant CI TASK: Maciej Bobrowski
  • Strona producenta: Amber developers

Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu: