Amber


Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) jest programem chemicznym, zapewniającym wykonywanie obliczeń z dziedziny dynamiki molekularnej. Może być wykorzystywany do modelowania cząsteczek i makrocząsteczek w próżni oraz w roztworach (np. w wodzie). Aplikacja posiada gotową bazę danych z definicjami 20 standardowych aminokwasów, kwasów nukleinowych, w której znajdują się parametry oddziaływania typu atom-atom, ładunki atomowe oraz informacje topologiczne dla podstawowych fragmentów białek i kwasów nukleinowych DNA i RNA.

Amber w CI TASK

Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu: