A

• Abaqus
• Amber
• ANSYS

B

• BAGEL
• Blender
• BWA

b

• bSKAN

E

• ESRI (ArcGIS)

F

• Ferret
• FreeSurfer

G

• GAMESS
• GATK
• Gaussian
• Gromacs

H

• HHsuite
• HyperWorks

J

• JAGS - Just Another Gibbs Sampler

L

• LAMMPS

M

• Mathematica
• MATLAB
• Molden
• MSC.Software (Adams, Dytran, Marc, Nastran, Patran)

N

• NAMD
• Numeca

O

• Open Babel
• OpenFOAM
• ORCA

P

• Picard
• Platypus
• PLUMED

Q

• Quantum ESPRESSO

R

• RoseTTAFold

S

• Sambamba
• Siemens NX

T

• Tecplot