Gaussian

Gaussian to program przeznaczony do modelowania różnych układów chemicznych oraz do obliczeń dotyczących budowy, struktury i własności molekuł przy użyciu mechaniki kwantowej. Program zawiera programy do konwersji standardowych formatów danych i wyników.

Obliczenia w pakiecie dokonywane są różnymi metodami: półempirycznymi, Hartree-Fock molecular orbital, post, testującymi stabilność funkcji falowej, uwzględniającymi stabilność solwentu. Program może obliczać energię systemów tak dużych jak 378-atomowy związek DNA.

Gaussian w CI TASK

Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu:

Rekomendacje dla TrytonPlus

W przypadku niewielkiego użycia pamięci przez Gaussiana, jak np. przy takiej konfiguracji:

%Mem=5GB

oraz niedużych plików RWF 1), można skorzystać z lokalnej pamięci RAM węzła obliczeniowego zamiast przestrzeni scratch na zdalnym systemie dyskowym.
Użycie lokalnego katalogu /tmp, który na Trytonie jest w pamięci RAM (tzw. ramdisk) może skrócić czas niektórych obliczeń.

W celu skorzystania z tej opcji można dopisać do inputu Gaussiana dyrektywę:


%rwf=/tmp/,160GB,/scratch/lustre/kdm/[username]/,-1


Wskazujemy tu, że jako przestrzeń do zapisu plików RWF ma być użyty katalog /tmp, do maksymalnej wielkości 160 GB 2). Dalej dane mogą być zapisywane bez ograniczeń (-1) na przestrzeni scratch, w katalogu użytkownika.


Należy pamiętać, że ta metoda nie zawsze będzie działać np. gdy sam Gaussian potrzebuje więcej pamięci, albo gdy pliki RWF są bardzo duże.
Ustawienie należy zawsze dobrać do przypadku albo grupy przypadków obliczeniowych.
Zachęcamy do obserwacji czasu obliczeń i samodzielnych eksperymentów.



1) Rozmiar plików RWF można sprawdzić w katalogu wskazywanym przez zmienną $GAUSS_SCRDIR/ podczas trwania obliczeń, np.

 

ls -ltrh  $GAUSS_SCRDIR/*.rwf

2) Nody Trytona mają 192 labo 384 GB pamięci operacyjnej, część zostawiamy na system operacyjny,  część dla aplikacji, reszta może być wykorzystana jako scratch.