Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) jest programem chemicznym, zapewniającym wykonywanie obliczeń z dziedziny dynamiki molekularnej. Może być wykorzystywany do modelowania cząsteczek i makrocząsteczek w próżni oraz w roztworach (np. w wodzie). Aplikacja posiada gotową bazę danych z definicjami 20 standardowych aminokwasów, kwasów nukleinowych, w której znajdują się parametry oddziaływania typu atom-atom, ładunki atomowe oraz informacje topologiczne dla podstawowych fragmentów białek i kwasów nukleinowych DNA i RNA.
Amber w CI TASK
- Najnowsza zainstalowana wersja: Amber 20
- Miejsce instalacji: Tryton
- Dokumentacja: znajduje się w katalogu instalacji oraz na stronach producenta (Amber Reference Manuals)
- Status licencji: zakupiona przez CI TASK; ważna
- Konsultant CI TASK: Maciej Bobrowski
- Strona producenta: Amber developers
Uwagi dotyczące uruchamiania pakietu:
- moduł: /tryton/amber/16 (obliczenia na wielu nodach)
- moduł: /tryton/amber/16_openmp (obliczenia na jednym nodzie)
- patrz Poradnik użytkownika: